高科技企业是新经济的代表，是中国证券市场上非常活跃的力量。海通证券在帮助高科技企业发行上市方面也颇有建树。2000年，亿阳信通4,000万股成功发行，首次实现新股发行市盈率突破20倍。2001年，核准制下第一股用友软件登上中国证券市场的舞台，发行价36.68元，是有史以来发行的第一高价股，上市首日交易价格一举登上百元大关；此外，获得“双高”认证的北生药业，以集成电路芯片生产闻名业内的上海贝岭等项目的发行，也为海通证券在高科技领域的承销业绩写下了浓重的一笔。